最近はVPSを利用する機会が非常に増え、サーバー設定を普段からよくするようになりました。
ホームページ制作の中心はWordpressなのですが、VPSの場合共用サーバーで利用していた時と違ってさまざまな設定をする必要があります。

その中でなかなか煩わしかったのがパーマリンク設定。
なんど.htaccessなどのファイルを正確に設定してもうまくいかない・・・どうもこれはサーバー側の問題だなと薄々気づきいろいろ調べていたらやはりそうでした。
下記がその詳細。
http://wpdocs.sourceforge.jp/%E3%83%91%E3%83%BC%E3%83%9E%E3%83%AA%E3%83%B3%E3%82%AF%E3%81%AE%E4%BD%BF%E3%81%84%E6%96%B9#.E3.81.9D.E3.81.AE.E4.BB.96.E3.81.AE.E5.95.8F.E9.A1.8C.E7.82.B9

【抜粋】
AllowOverride が無効

あなたのサーバーでは、AllowOverride ディレクティブが有効になっていないかもしれません。Apache の httpd.config ファイルで AllowOverride ディレクティブが None に設定されている場合は、.htaccecc ファイルは全く無視されます。この場合、サーバーは .htaccecc ファイルを読むことすらしません。このディレクティブが All に設定されている場合は、全ての .htaccecc コンテキストが許可されます。httpd.config ファイルで AllowOverride ディレクティブが有効になっている例を示します。
Options FollowSymLinks
AllowOverride All

ルートディレクトリでも、AllowOverride を有効にする必要があるかもしれません。
# … other directives…
AllowOverride All

Apacheのhttpd.confの設定を変更する必要がありました。
/etc/httpd/conf/httpd.conf

設定変更したらリブートして設定反映を忘れないように！